Offres d'emploi

Gustave Roussy, Villejuif

Type de poste : CDI de chantier de 18 mois disponible immédiatement

Laboratoire : Pôle Data de la Direction de la Recherche, Gustave Roussy

Adresse : 114 Rue Edouard Vaillant 94805 Villejuif

Nom et Prénom des contacts à qui envoyer CV + lettre de motivation En précisant vos prétentions salariales : Thomas MERCHER (Thomas.MERCHER@gustaveroussy.fr) Florent GINHOUX (Florent.GINHOUX@gustaveroussy.fr) Armelle SEJEAN (Armelle.SEJEAN@gustaveroussy.fr

Description du poste : Dans le cadre du consortium Paris Kids Cancer, le projet est de construire et caractériser un atlas cellulaire des cancers pédiatriques basé sur la transcriptomique unicellulaire, explorant les relations entre développement, cellules immunitaires et phénotypes tumoraux. Pour tenir compte de l’hétérogénéité intra-tumorale (au sein des tumeurs) et inter-tumorale (entre patients), le projet intégrera des données de RNA-seq unicellulaire issues de plusieurs types de cancers pédiatriques pour étudier les points communs et les relations entre les réseaux de transcription et de signalisation. Les données tumorales seront comparées à des atlas unicellulaires de cellules normales au cours du développement, déjà publiés et/ou générés dans le cadre de PKC. Les interactions entre états cellulaires tumoraux spécifiques et diverses populations immunitaires seront ensuite caractérisées avec des outils appropriés. À l’issue du projet, les atlas cellulaires pan-cancers pédiatriques et spécifiques de type tumoral seront mis à disposition via un serveur web dédié. Globalement, cet atlas représentera une ressource précieuse pour toutes les équipes du consortium PKC et la communauté scientifique intéressée par les cancers pédiatriques. Le caractère collaboratif du projet et les interactions avec les différentes équipes du consortium PKC seront un environnement hautement synergique pour deux bioinformaticiens, l’un basé à Gustave Roussy et l’autre à l’Institut Curie.

Les principales missions seront les suivantes : 

• Participer activement au développement d’un pipeline d’analyse commun pour générer des tables de comptage robustes à partir de données brutes de transcriptomique unicellulaire ;
• Appliquer ce pipeline sur divers jeux de données RNA-seq unicellulaire générés en interne et par d’autres équipes du consortium PKC, ainsi que sur des jeux de données publiés/externe ;
• Utiliser et/ou développer des méthodes et stratégies d’analyse en collaboration étroite avec des biologistes. Un aspect clé consistera à intégrer des données filtrées pour explorer les phénotypes cellulaires tumoraux, leurs liens avec les cellules normales du développement, et à caractériser les populations non malignes du microenvironnement tumoral ;
• Participer activement à la préparation d’un serveur web dédié pour le partage des atlas ; 
• Présenter l’avancement du travail lors de réunions d’équipe régulières et réunions du consortium Paris Kids Cancer.

INSERM UMR1287, Gustave Roussy, Villejuif

Cherche Ingénieur.e associant des compétences en biologie et bioinformatique pour l’analyse de données multiomiques à l’échelle unicellulaire et de cytométrie spectrale générées dans le contexte d’un programme de recherche translationnelle portant sur une hémopathie myéloïde chronique. Initialement CDD de 1 an géré par Gustave Roussy. Contacts : Nathalie Droin (Nathalie.Droin@gustaveroussy.fr) et Dorothée Selimoglu-Buet (Dorothee.Selimoglubuet@gustaveroussy.fr).